1877 yılında Osmanlı İmparatorluğu’nun Kosova Vilayeti’ne bağlı Priştine Sancağı’nda ”Çolakoğulları” lakabıyla tanınan Anadolu kökenli bir ailenin çocuğu olarak dünyaya gelen Cafer Tayyar, daha doğar doğmaz gönüllü olarak Osmanlı ordusuna katılan ve genç yaşta Süvari Yüzbaşısı rütbesi alıp alay kumandanı olarak katıldığı 1877-1878 Osmanlı Rus Savaşı esnasında (93 Harbi) Plevne’de şehit düşen babasını kaybetmek suretiyle yetim kalmıştır. 10 yaşında da annesini kaybederek hem yetim, hem de öksüz kalan Cafer Tayyar’ın çocukluk ve gençlik yıllarında yetişmesinde 1872 yılında doğan ve Harp Okulu mezunu olan, İttihat ve Terakki üyesi büyük ağabeyi İsmail Hakkı Bey etkili olmuştur. Yine 1875 doğumlu diğer ağabeyi Ahmed Hamdi Bey de büyük ağabeyi gibi İttihatçıydı.
Eğitim hayatına Drama İdadi-i Mülkiye Mektebi’nde başlayan Cafer Tayyar, o günlerde çıkarılan bir İrade-i Seniyye ile şehit asker çocuklarının yatılı olarak askeri okullara kabul edilmeye başlanması sonucu ağabeyleri Manastır Askeri İdadisi’ne yazılırken kendisi de Manastır Askeri Rüştiyesi’ne kaydoldu. Buradan mezun olduktan sonra o da eğitimini Manastır Askeri İdadisi’nde sürdürdü.
1 Mart 1898 tarihinde İstanbul Harp Okulu öğrencisi olan Cafer Tayyar, Süvari Teğmeni olarak kurmay sınıfına seçilirken kendisinin okul arkadaşları arasında Ali Fethi Okyar, Hafız Hakkı, Ali Fuat Erdem, Kara Vasıf (Karakol) gibi şahsiyetler de vardı. Öğrencilik yıllarında faal bir teşkilata girmese de ”hürriyet ve yenilik hareketleri” ile yakından ilgilenen Cafer Tayyar’ın fikri yapısı bu dönemde olgunlaşmıştır.
9 Ocak 1902’de Üsteğmen olan Cafer Tayyar, 4 Ocak 1902’de ilk on kişi arasına girdiği Harp Okulu’ndan Kurmay Yüzbaşı Rütbesiyle mezun oldu. Stajını yapmak üzere Selanik merkezli 3. Ordu emrine verildi. İlk görevi Üsküp’te bulunan 72. Nizamiye Alayı’na bağlı 3. Tabur, 2. Bölük Kumandanlığı olmuştur. O süreçte Makedonya bölgesi oldukça karışık olup Arnavut, Sırp, Rum ve Bulgar çeteleri hem kendi aralarında hem de Türklerle çarpışmaktaydı.
Kurmay Yüzbaşı Cafer Tayyar Bey Makedonya bölgesinde eşkiya takibinde görev aldı. 12 Mayıs 1905’te Yemniya Tepelerinde güçlü bir Sırp çetesini yenilgiye uğratarak ilk askeri başarısını gerçekleştirdi. Bunun üzerine Komonova, Eğri Palanka ve Karatova kazalarının Eşkıya Takibi Müfettişliğine atandı. Bölgede bulunan Sırp ve Bulgar çetelerinin etkisiz hale getirilmesinden sonra Üsküp Topçu Alayı’na gönderildi ve stajını burada tamamladı. Eşkıya takibinde gösterdiği başarılı nedeniyle 5 Haziran 1905’te Dördüncü Rütbeden Osmanî Nişanı ve 14 Aralık 1905’te de Dördüncü Rütbeden Mecidi Nişanı ile ödüllendirildi.Cafer Tayyar Bey, 25 Mart 1906’da kolağası (Kolağası, Yüzbaşı ile Binbaşı arasında bir rütbe olup, iki yıl hizmet veren yüzbaşılara veriliyordu.) oldu ve ardından Kosova Mıntıka Kumandanlığı Kurmay Başkanlığı’na tayin edildi. Makedonya’da Köprülü’de Enver Paşa ile görev yaptı. Bu arada İttihat ve Terakki Cemiyeti’ne üye olarak Cemiyet’in Üsküp Şubesi’nin kuruluşunda ve teşkilatlanmasında görev aldı. 24 Şubat 1908 tarihinde ise Binbaşı Rütbesiyle 17’nci Nizamiye Alayı Birinci Takip Taburu Kumandanı oldu.1908 yılında Sultan II. Abdülhamid tarafından II. Meşrutiyet’in ilan edilmesinden sonra hayata geçen bazı uygulamalardan memnun olmayan Arnavutlar, özellikle Avusturya’nın ve Rusya’nın teşvikiyle ayaklanmaya başladı. Binbaşı Cafer Tayyar Bey, Metrovice Tümeni Kurmay Başkanı olarak Arnavutların isyanını bastırmakla görevlendirildi. Metrovice, İpek ve Gosniye bölgelerinde çıkan isyanlara karşı yapılan askeri harekâtı idare etti. II. Meşrutiyet’e karşı İstanbul’da patlak veren isyanı (31 Mart Olayı’nı) bastırmakla görevlendirilen Hareket Ordusu’nun komutanı Mahmud Şevket Paşa’ya, asi Arnavutların İstanbul’a müdahale etmesini engelleyeceğine dair teminat verdi ve kararlılık içinde bulunduğu bölgede bu görevi üstlendi.31 Mart Olayı’nı bastırmak için İstanbul’a giden Hareket Ordusu, kısa sürede duruma hâkim oldu. Sultan II. Abdülhamid, Meclis-i Mebusan’ın hal’ kararı ile tahttan indirilerek V. Mehmet Reşat padişah yapıldı. Abdülhamid Han’ın tahttan indirilmesi, onun şahsına sempati ile bakan Arnavut halkının İttihat ve Terakki Fırkası’na duydukları düşmanlığı daha da artırdı. Avusturya, Karadağ ve İtalya’nın da kışkırtmasıyla Arnavutluk’taki isyan büyüdü. Hükümet isyanı sonlandırmak amacıyla ıslahat tedbirleri almaya başladı. Cafer Tayyar Bey, 1909 yılı Ağustos ayına kadar İpek çevresi ve Ragova’daki isyancı Arnavutlara karşı yapılan harekâtı idare etti. 7 Ağustos 1909 tarihinde İttihatçılar tarafından çıkarılan “Tasviye-i Rütep Kanunu” ile rütbesi Kolağası’na indirildi.Cafer Tayyar Bey, 8 Eylül 1909’da Aydın Eşkıya Takip Kumandanlığı Takip Müfrezesi Komutan Yardımcısı oldu ve bölgedeki Rum çetelerine karşı başarılı bir mücadele verdi. 18 Ekim 1909’da Aydın Divan-ı Harb Üyesi; 26 Ocak 1910’da da Ödemiş Divan-ı Harb Reisi oldu. Bu sırada Almanya’da eğitim almak isteğiyle istifa etti; ama istifası kabul edilmeyerek Genelkurmay Başkanlığı 3’ncü Şube emrine alındı ve 27 Nisan 1910 tarihinde ikinci defa Binbaşı Rütbesine terfi etti, 1910 yılında Arnavutluk’taki olayların artması üzerine Merkezi Hükümet bölgede örfi idare (sıkıyönetim) ilan etmişti. Cafer Tayyar Paşa’nın İpek Sancağı Mutasarrıfı olan ağabeyi İsmail Hakkı Bey de olaylarda yararlanmıştı. Binbaşı Cafer Tayyar Bey, Kosova Mürettep Kolordusu’nda görevlendirdi. Kolordu Kurmay Heyeti’nde bulunan Kâzım Karabekir ve Aziz Semih Beylerle birlikte Arnavutların etkili olduğu Çilova Boğazı’nın açılışında görev aldı. Bu münasebetle Cafer Tayyar Bey ile Kâzım Karabekir arasında çok sağlam bir dostluk başladı.
Cafer Tayyar Bey, isyanın bastırılmasından sonra Yakova Divan-ı Harb Başkanı oldu. 15 Temmuz 1910’da da Kosova Divan-ı Örfi Başkanlığı’na tayin edildi. 4 Ağustos 1910’da İpek Sancağı Mutasarrıflığı’na atandı. 19 Ekim 1910’da İpek Kumandanlığı da onun uhdesine verildi. Hükümet isyanlar sırasında oluşan zararları gidermeye çalışırken Karadağ sınırında yaşayan Malisörlerin (Katolik Hıristiyan Arnavutlar) isyanı başladı.
Kosova Mürettep Kolordusu 4’ncü Tümen Kurmay Başkanlığı’na atanan Binbaşı Cafer Tayyar Bey, 15 Mayıs 1911-16 Haziran 1911 tarihleri arasında yapılan beş büyük çarpışmada bizzat birliğinin başında Malisörlerle çarpıştı. Salıca, Kaprişka ve Barana bölgeleri geri alındı.Bir süre sonra Dâhiliye Nazırı Halil Bey ile görüş ayrılığı yaşayan Cafer Tayyar Bey, Kosova İpek’teki görevlerinden istifa etti. Genelkurmay Başkanlığı’nın 4’ncü Şubesi emrine verildi. 14 Ekim 1911’de Rumeli’de Mustahfiz Taburları’nın (Tanzimat sonrasında 40 yaşını geçen vatandaşların, muvazzaf ve rediflikten sonraki askerlik hizmeti yaptığı taburlar. Ayrıca bu taburlara 20 yaşından genç gönüllüler de katılabiliyordu.) kurulmasında görev aldı.
Bu sırada Arnavutluk’ta İpek ve Yakova Sancaklarında yeni bir isyan başladı. Harbiye Nazırı Mahmud Şevket Paşa’nın isteğiyle Hükümet, tecrübesinden dolayı Cafer Tayyar Bey’i 29 Aralık 1911’de yeniden İpek Sancağı Mutasarrıf ve Kumandanlığına atadı. Bölgeyi gayet iyi tanıyan Cafer Tayyar Bey’e göre Hükümet’in Arnavutluk’ta uyguladığı siyaset yanlıştı. İtalya, Rusya, Avusturya ve Karadağ’ın kışkırtmaları sonucunda çıkan her isyan sonrasında verilen tavizler ve özellikle de genel af ilanı yeni isyanlara sebep oluyordu. Çözüm, bölgenin idaresinde “adil, fakat kuvvete dayanan” bir sistemin uygulanmasında yatıyordu. Cafer Tayyar Bey, İpek’te sıkıyönetim ilan ederek emniyeti sağlamaya yönelik tedbirler aldı. Islahat programı dâhilinde bölgede yol, okul ve resmi bina gibi hizmetlerin yapımına hız vererek, idarî düzenlemeler yapmaya çalıştı. Ancak o günlerde Osmanlı Ordusu içine ne yazık ki tam anlamıyla siyaset girmişti. İttihat ve Terakki Fırkası karşıtı, Hürriyet ve İtilaf yanlısı subaylar tarafından “Halaskaran Grubu” kurulmuştu. Hürriyet ve İtilaf Fırkası, İttihatçıların desteğiyle kurulan hükümetin düşmesi amacıyla Arnavutların isyanını kullanmak istiyordu. Arnavutların isyanını bastırmakla görevlendirilen 1’nci ve 21’nci Tümenlerdeki subaylar asi Arnavutlarla anlaşmış; hatta Cafer Tayyar Bey’i de kendileriyle işbirliği yapması için ikna etmeye çalışmışlardı. Cafer Tayyar Bey, bu subaylara yaptıklarının yanlış olduğunu anlatmaya çalıştı; ama pek başarılı olamadı. Sonunda Hükümet istifa etti. Gazi Ahmet Muhtar Paşa başkanlığında kurulan yeni Hükümet, Arnavutluk’ta ıslahatlar yapmaya başladı. Cafer Tayyar Bey’e göre olaylar artık Arnavutluk’u Osmanlı Devleti’nden kopma noktasına getirmiş ve halkın da isteklerinin bitmeyeceği anlaşılmıştı. Balkan Devletleri arasında da Osmanlı’ya karşı ittifak anlaşmaları yapılmaya, Osmanlı ile bu ülkeler arasındaki ilişkiler gerginleşmeye başlamıştı. Ordudaki ikilik ve halk arasındaki siyasi kargaşa sebebiyle iç ortam da oldukça bozuktu. Böyle bir ortamda Cafer Tayyar Bey, 3 Ağustos 1912’de İpek Sancağı Mutasarrıflığı ve Kumandanlığı görevlerinden istifa ederek ayrıldı. İstanbul’da Genelkurmay 3’ncü Seferberlik Şubesi’ne tayin edildi. Derken 17 Ekim 1912 tarihinde I. Balkan Savaşı başladı. Osmanlı Ordusu sayıca olmasa da donanım ve disiplin bakımından yetersizdi. Binbaşı Cafer Tayyar Bey, I. Balkan Savaşı’nda Edirne, Kırklareli, Paşmaklı civarında görevlendirilen Osmanlı Doğu Ordusu, 16’ncı Kolordu Kumandanlığı Kurmay Başkanlığı’na atandı. Ancak o daha görev yerine ulaşmadan Bulgarlar üzerine taarruza geçen Doğu Ordusu, Kırklareli civarında büyük kayıp verdi ve geri çekilmeye başladı. Ordu, Vize ve Lüleburgaz’a çekilip toparlanmaya çalışırken 1 Kasım 1912 günü cepheye ulaşan Binbaşı Cafer Tayyar Bey’e Pınarhisar-Kırklareli arasındaki mevzilerden, diğer birliklerin geçişini ‘himaye’ görevi verildi. Görevini tamamladıktan sonra Doğu Ordusu’ndan oluşturduğu bir piyade alayı ile Osmanlı Ordusu’nun Bulgarlara önemli kayıplar verdirdiği Vize muharebelerine katıldı. Ordu umumi ricat (geri çekilme) emriyle Çatalca savunma hattına kadar çekildi.Taraflar arasında sağlanan ateşkes sonrasında Osmanlı Ordusu’nda yapılan düzenleme ile Cafer Tayyar Bey, Doğu Ordusu 2’nci Kolordu Kurmay Başkanlığı’na getirildi. 28 Ocak 1913’te Batı Ordusu’nda görevlendirildi. II. Balkan Harbi’nde Lüşne’de Sırplarla çarpışırken tifüs hastalığına yakalandıktan sonra 20 Mayıs 1913’te İstanbul’a döndü. 14 Haziran 1913’te İstanbul’da “Üsküdar Ciheti Kumandanlığı” görevine getirildi. Balkan Savaşı sonunda iki yıl kıdem alan Binbaşı Cafer Tayyar Bey, 9 Aralık 1914’te Kaymakam (Yarbay) rütbesine terfi etti. Cihet Komutanlıkları kaldırılınca 10 Aralık 1913’te İstanbul’da Askeri Mahkeme üyesi oldu. Kısa bir süre sonra da İzmir’deki 4’ncü Kolordu Kurmay Başkanlığı’na tayin edildi.
Balkan Savaşlarında böylesine büyük vazifeler alan Cafer Tayyar, I. Dünya Savaşı’nda da önemli vazifeler alacaktı.
1914 yılında başlayan ve dört yıl süren I. Dünya Savaşı’nda İttifak grubunun başını çeken Almanya’nın yanında yer alan Osmanlı’nın fiilen savaşa girdiği sırada Yarbay Cafer Tayyar Bey, İstanbul’da 1’nci Tümen Kumandanlığı’na tayin edildi. Daha sonra Çanakkale Cephesi’nde Seddülbahir bölgesinde görevlendirildi. Ancak cepheye ulaştığında emrindeki 1’nci Tümen’in iki alayının yeni oluşturulan Asya Grubu’na verilmesi ve 124’ncü Alay’ın da 2’nci Kolordu emrine verilerek bölünmesi uygulamasına karşı çıktı. Seddülbahir Cephesi’ndeki tahkimat yetersiz olduğu için 2’nci Kolordu Komutanı ile de tartışma yaşadı. Tahkimatın yetersizliği yanında cepheye yeni gelen birliklerin daha etrafı tanımadan taarruza geçirilmesi ve bunun sonucunda zayiat verilmesi ona göre çok yanlıştı. Burada taarruzu, karşı taarruzla karşılamak ve tahkimatı güçlendirmek kayıpları azaltacaktı. Aslında, cephedeki bazı Türk subayları da Cafer Tayyar Bey ile aynı görüşteydi. 1’nci Tümen’in 124. Alay’ının verdiği ağır kayıp sonucunda Tümen’in bütün birlikleri tekrar Yarbay Cafer Tayyar Bey’in idaresine verildi. Aynı zamanda Seddülbahir bölgesindeki askerî tahkimatın onun tarafından yönlendirmesi emri de verildi. 1915 Ağustos’unda Seddülbahir bölgesindeki savaş siper çatışmalarına dönüştü. Alman subaylar da cephede görev yapıyordu. Cafer Tayyar Bey komutasındaki 1’nci Tümen’in bağlı olduğu 14’ncü Kolordu’nun ve sağ cenahın kumandanı Trommer Paşa, tebdili hava olarak Edirne’ye gidince, onun görevleri vekâleten Cafer Tayyar Bey’e verildi. Yürüttüğü bu görev 9 Eylül 1915’te Albay Konengiesser’a verildi. Cafer Tayyar Bey yürürlükteki nizamnameye göre Kolordu’nun en kıdemli Tümen komutanı olarak kendisinin yürütmesi gereken görev ve sorumlulukların bir Alman subayına verilmesine sinirlenip ordudan ayrılmak istedi. İtirazları sonunda 31 Eylül 1915’te tekrar 14’ncü Kolordu ve l’nci Mıntıka komutanlıklarına vekâleten atandı.Yarbay Cafer Tayyar Bey, Çanakkale Cephesi’ndeki başarılı hizmetlerinden dolayı üç yıl “kıdem zammı” alarak 14 Aralık 1915’te Albay oldu. 9 Ocak 1916 tarihinde Gelibolu Yarımadası’nın İtilaf Devletleri tarafından tahliyesi tamamlandıktan sonra İstanbul’a döndü. Burada l’nci Tümen’e yeniden savaş gücü kazandırmaya çalıştı. Kafkas (Doğu) Cephesi’nde Rus kuvvetlerinin Muş, Tatvan, Bitlis’i işgal edip Erzurum’u da almaları sonunda Çanakkale Cepheleri’nden dönen birliklerin derhal bölgeye gönderilmesine karar verilince 2’nci Ordu’ya bağlı 1’nci Tümen komutanı olarak Haziran 1916’da Kafkas Cephesi’ne gitti.Albay Cafer Tayyar Bey idaresindeki 1’nci Tümen, Çapakçur ve Oğnut’ta Ruslara karşı başarılı savunmalar yaptı. 27 Temmuz-1 Ağustos 1916 tarihleri arasında verilen mücadele sonucu 1’nci Tümen olağanüstü başarı göstererek Ruslara üç binden fazla kayıp verdirdi.Albay Cafer Tayyar Bey, 2-3 Eylül 1916’da Mürettep Kolordu Kumandanlığı’na tayin edildi. Karir dağları, Göynük ve Çorsan bölgelerinin tahkim edilmesinde ve savunmasında görev aldı. Kafkas Cephesi’nde yapılan yeni düzenleme sonrasında 25 Eylül 1916 tarihinde Mustafa Kemal Paşa komutasındaki 2’nci Ordu’ya bağlı olan 2’nci Kolordu Kumandanlığı’na atandı. 8 Nisan 1917 tarihinde Irak Cephesi’ndeki 18’nci Kolordu komutanı Kâzım Karabekir Paşa’nın isteği ile karşılıklı görev değişikliğini kabul ederek 18’nci Kolordu kumandanı oldu. 18’nci Kolordu’ya bağlı birlikler, Dicle Nehri yakınlarındaki Tikrit bölgesinde İngilizlere karşı eldeki imkânları ölçüsünde başarılı savunma yaptı. Daha sonra 18’nci Kolordu ihtiyaç sevkiyatındaki zorluklar ve diğer mücbir sebeplerle Tikrit’ten Cebel-i Harameyn mevkiine yerleştirildi. Haziran 1918 sonlarında 18’nci Kolordu’nun lağvedilmesi üzerine Cafer Tayyar Bey, 14 Temmuz 1918 tarihinde Kuzey Kafkas Kumandanlığı’na atandı; ancak 6 gün sonra, Talat Paşa’nın isteği ile İstanbul’da bulunan 1’nci Kolordu Komutanlığı’na getirildi. Bir yandan 1’nci Kolordu’ya bağlı birlikleri düzenlerken bir yandan da İstanbul’da asayişin sağlanması ve Boğazlardan geçişin kontrolü gibi görevleri yerine getirdi. Öte yandan asker kaçakları ve çete faaliyetlerine karşı tedbirler aldı.14 Eylül 1918’de İngiliz, Fransız ve Sırp Birlikleri Osmanlı Devleti’nin müttefiki olan Bulgaristan’a karşı taarruza geçince Rumeli’de dengeler değişti. Osmanlı Harbiye Nezareti, savunmasız durumda bulunan Doğu Trakya’ya asker gönderilmesine karar verince, 29 Eylül 1918’de Cafer Tayyar Bey komutasındaki l. Kolordu’yu bölgeye gönderdi. Tam bu sırada Bulgaristan’ın İtilaf Devletleri ile ateşkes antlaşması imzalamasından bir süre sonra Almanya ve Osmanlı Devleti de mütareke imzaladı. Albay Cafer Tayyar Bey, Osmanlı Devleti’nin İtilaf Devletleri ile 30 Ekim 1918’de Mondros Ateşkes Antlaşması’nı imzaladığı günlerde İstanbul’daydı. Payitahtta askeri ve sivil şahsiyetlerle görüştü. Bu görüşmeler sonunda Türkiye’nin Avrupa’daki son toprağı olan Doğu Trakya’nın (Edirne Vilayeti’nin) savunmasının önemi üzerinde duruldu. İstanbul’da bulunan Trakya ileri gelenlerinin 2 Kasım 1918 tarihinde bir araya gelerek yaptıkları toplantı sırasında Trakya-Paşaeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti’nin ilk nüvesi oluşturuldu. Cafer Tayyar Bey aynı gün Edirne’ye gitmek üzereyken Ağabeyi İsmail Hakkı Bey’in ölümünü haber alınca evvela Bursa’ya gitti. Ağabeyinin cenazesini defnettikten sonra Edirne’ye geçen Cafer Tayyar Bey, 2 Aralık 1918’de resmen kurulan Trakya-Paşaeli Müdafaa-i Heyet-i Osmaniyesi Cemiyeti ile işbirliği yaptı. Cemiyet üyelerinin büyük bir kısmı, siyasi yollarla mücadeleden yanaydı. Az bir kısmı ise silahlı savunmadan başka bir çare olmadığı düşüncesini taşıyordu. Cemiyet, Balkan Savaşı sonrasında Bulgaristan sınırında kalan Batı Trakya’yı da aslî Türk toprağı olarak görüyordu. Albay Cafer Tayyar Bey, Doğu Trakya’nın Yunan işgaline uğraması ihtimaline karşı hazırlıklara başladı. Mondros Ateşkes Antlaşması hükümlerine göre terhis edilmeleri gereken askerlerin terhisini geciktirmeye çalıştı. Silah ve cephaneyi mümkün olduğunca elde tutmaya gayret etti. Doğu Trakya’daki İngiliz kontrol subayları ve İstanbul Hükümeti’nin emirlerine rağmen, Jandarma teşkilatını takviye etmeye çalıştı. Asayişi sağlamak için bir yandan da yeni birlikler oluşturdu. Kısa bir süreliğine Tekirdağ’daki 14’ncü Kolordu Komutanlığı görevinde bulunan Kâzım Karabekir Paşa ile yaptığı görüşmelerde İstanbul’un güvenliği açısından Edirne ve Trakya’nın savunmasının önemi konusunda aralarında tam bir görüş birliği oluştu. Kâzım Karabekir Paşa’nın Doğu Anadolu’ya gitmesinden sonra İstanbul Hükümeti, onun emrindeki 55’nci Tümeni de Cafer Tayyar Bey’in idaresine bıraktı. Artık Doğu Trakya’da Albay Cafer Tayyar Bey komutasındaki 1’nci Kolordu’dan başka bir birlik kalmamış oldu.
Öte yandan İstanbul Hükümeti Cafer Tayyar Bey’e, İtilâf Devletleri’nin temsilcilerine yardımcı olması konusunda baskı yapıyordu. Böyle bir atmosfer içinde Cafer Tayyar Bey’in Yunanistan’dan gelen Trakya Demiryolu Muhafaza Taburu’nun yerli Rumları silahlandırma girişimi hatta Türk subaylarına karşı harekete varan taşkınlıkları sebebiyle, değiştirilmesi için İtilaf Devletleri nezdinde ve doğrudan Osmanlı Hükümeti’ne yaptığı başvurulardan bir sonuç çıkmadı. I. Dünya Savaşı’nın galip devletlerinin yenilen devletlerle yapacakları nihaî barış antlaşmalarının taslaklarının hazırlandıkları 18 Ocak 1919 tarihli Paris Barış Konferansı’nda İzmir ve çevresini işgal hakkı Yunanistan’a verilmişti. Yunan ordusunun 15 Mayıs 1919 günü İzmir’in işgal etmesinden sonra Doğu Trakya’nın akıbeti de belirginleşti. O günlerde Albay Cafer Tayyar Bey, Doğu Trakya’nın savunulması için elinden geleni yapmaya çalışıyordu. Bölgenin İstanbul’a yakın olmasından ötürü her türlü ihtiyacını buradan sağlamak zorundaydı. İşte bu nedenle İstanbul Hükümeti ile ilişkilerini sürdürdü ve Hükümeti Edirne’ye yardımcı olmaya ikna etmeye çalıştı. Yunanlıların genişleme faaliyeti ve İzmir’in işgalinden sonra Trakya’yı da işgal etmelerinin İstanbul’u ciddi şekilde tehlikeye düşüreceğini anlatan raporunu Harbiye Nezareti’ne göndererek, bölgede seferberlik ilan edebilmek için yetki istedi. Ancak Osmanlı başkenti İstanbul’u fiilen işgalleri altında tutan İtilaf güçlerinin güdümü altındaki Hükümetten beklediği desteği bir türlü alamadı. Cafer Tayyar Bey, İzmir’in işgalinden sonra 19 Mayıs 1919’da Anadolu’ya geçerek Milli Mücadele’yi başlatan Mustafa Kemal Paşa ile işbirliği halinde Trakya’daki mücadeleyi sürdürmeye çalıştı. Mustafa Kemal Paşa ile Cafer Tayyar Bey’in işbirliği Trakya halkının maneviyatına güç kazandırdı. 4-11 Eylül 1919 tarihleri arasında yapılan ve ulusal bir nitelik taşıyan Sivas Kongresi’nde, Anadolu ve Rumeli’deki Müdafaa-ı Hukuk Cemiyetleri tek çatı altında birleştirildi. Sivas Kongresi’ne Edirne’den bir temsilci gönderilmemiş; ancak Kongre Kararlarına uyulacağı bildirilmişti. Bundan sonraki süreçte Trakya Paşaeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti, “Anadolu ve Rumeli Müdafaa-ı Hukuk Cemiyeti’nin bir şubesi olarak çalışmaya başladı. Koordineli olarak Cafer Tayyar Bey de, komutası altındaki 1’nci Kolordu’ya bağlı Tümen komutanlarından görev bölgelerinde milli teşkilatlanmanın hızla gerçekleştirilmesini ve resmî görevlilerle halkın yardımını sağlamalarını istedi. Ancak halkın büyük kısmı ve bazı idareciler Trakya’da silahlı savunma yapılmasına karşı olduğu için, Cafer Tayyar Bey’in tüm çabalarına karşılık milli teşkilatlanma çalışmaları istenen düzeyde gerçekleşmedi. Özellikle Tekirdağ Mutasarrıfı büyük zorluklar çıkardı. Bütün bunlar Trakya’daki Milli Mücadele’yi olumsuz olarak etkiledi. Mustafa Kemal Paşa ile Ali Rıza Paşa Hükümeti’nin temsilcisi Bahriye Nazırı Salih Paşa arasında Amasya’da yapılan görüşmelerde Meclis-i Mebusan’ın açılması hususunda fikir birliğine varılmıştı. 16 Ocak 1920’de İstanbul’da açılan Son Osmanlı Mebusan Meclisi’nin vatanperver mebusların çabaları ile 28 Ocak 1920’de Misak-ı Milli Kararları’nı kabul etmesi üzerine İtilaf Devletleri büyük tepki gösterdi. 13 Kasım 1918’den bu yana fiilen işgal altında bulunan İstanbul’un 16 Mart 1920 günü İtilaf güçleri tarafından resmen işgal edilmesi üzerine Cafer Tayyar Bey, İstanbul’la irtibatını büyük ölçüde keserek, aynı gün yayınladığı Kolordu emriyle Doğu Trakya’da seferberlik ilan etti. İstanbul ile olan telgraf hattı kapatıldı, buradan gelen yayınlara sansür konuldu.
19 Mart 1920 günü Edirne Selimiye Camii’ndeki Miting’den sonra toplanan askerî ve mülkî görevliler arasında Trakya’nın savunmasında izlenecek yol tartışıldı. 31 Mart-2 Nisan 1920 tarihleri arasında gerçekleştirilen Lüleburgaz Kongresi’nde, “Trakya’da iç ihtilal ve yabancı işgaline karşı müdafaa mukavemet” kararı alındı. Kongrede alınan karar gereği Albay Cafer Tayyar Bey’in görevi, savunma kararını bölgedeki en üst düzey komutan olarak askeri komutan olarak uygulamaktı. Lüleburgaz Kongresi’nde alınan karar Ankara’da Büyük Millet Meclisi’nin açılış hazırlıklarını yürütmekte olan Mustafa Kemal Paşa’ya da bildirildi. İstanbul’un işgal edilip Meclis-i Mebusan’ın kapatılmasının ardından 23 Nisan 1920 tarihinde Ankara’da TBMM açıldı. Lüleburgaz Kongresi’nde Cafer Tayyar Bey, İlk Meclis’e Edirne Milletvekili olarak seçilmişti; ama o günün şartlarında kendisi Ankara’daki Meclis’in faaliyetlerine katılamadı. İstanbul’un işgali üzerine Cafer Tayyar Bey Kolordu emriyle Doğu Trakya bölgesinde seferberlik ilan etmişti. Bu karar sonrası 1’nci Kolordu’nun ihtiyaçlarını sağlamakta zorlanan Cafer Tayyar Bey, İstanbul Hükümeti ile ilişkisi olan Edirnelilerin teşviki ve Trakya-Paşaeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti’nin aldığı karar neticesi İstanbul’a gitti. Ancak İstanbul’da gittiği zaman beklediği yardımı alamadığı gibi, 1’nci Kolordu Komutanlığı’ndan azledildi. Bu sırada Cafer Tayyar Bey’e Büyük Millet Meclisi tarafından “Rumeli Umum Komutanlığı” unvan ve selahiyeti verildi. Edirne’nin savunmasıyla ilgili çok hararetli tartışmaların yapıldığı Edirne Kongresi’nde de kendisine “Trakya Milli Kumandanı” unvanı verildi. Cafer Tayyar Bey’in yerine İstanbul Hükümeti tarafından l’nci Kolordu Komutanlığına atanan Muhittin Bey, Edirne Kongresi’nde alınan kararlara Trakya’da rağmen seferberlik ilan etmedi. Esasen o da Milli Mücadele’ye taraftardı; ancak İstanbul’la irtibatın devam etmesini Trakya’nın savunması için gerekli görüyordu. Bu yüzden İstanbul’la olan telgraf hattını tekrar açarak ilişkilerini sürdürdü. Bununla birlikte İstanbul basınının Milli Mücadele aleyhindeki yazıları Trakya halkının silahlı mücadele azmini kırınca sonunda Muhittin Bey de seferberlik ilan etti ve 1’nci Kolordu Komutanlığı’nın emriyle 1316 doğumlular Jandarma birliklerinde toplanmaya başlandı. Seferberliğe tabi olanların doğrudan 1’nci Kolordu’nun yerine Jandarma birliklerine alınması, Trakya Milli Kumandanı Albay Cafer Tayyar Bey ile ona bağlı olarak çalışması gereken Kolordu Komutanı Muhittin Bey’in arasında fikir ayrılıklarının doğmasına yol açtı. İki komutan savunma planlan üzerinde de anlaşamayınca emir komuta zinciri bir türlü gerçekleşmedi. Bu durum Doğu Trakya’nın savunmasını olumsuz yönde etkiledi. Öte yandan Mustafa Kemal Paşa’nın Trakya Harekâtı’nın mümkün olduğunca uzatılması yönündeki emrine rağmen, 1’nci Kolordu Komutanı Muhittin Bey’in Yunan saldırısı başlamadan önce verdiği emirle, bir başarısızlık durumunda Ordu birliklerinin Bulgaristan’a geçmesini planladığını açıklaması da sonucu etkiledi.Yunan Ordusu, Trakya’yı işgal amacıyla 20 Temmuz 1920’de taarruza geçti. Marmara kıyılarında öncelikle Ereğli ve Sultanköy’ü işgal eden Yunan birlikleri, aynı anda Tekirdağ sahillerine de çıkarma yapma imkânı buldu. Tekirdağ’daki 55’nci Tümen, kısa sürede dağıldı. Bu tümenin yaşadığı yenilgi, 60’ncı Tümeni de zor durumda bıraktı. 23 Temmuz 1920 günü Kolordu Karargâhı’nda bir araya gelen Cafer Tayyar Bey ve Muhittin Bey, 1’nci Kolordu’yu Babaeski’de toplayarak savaşı sürdürmeyi kararlaştırdılar.
Durumu değerlendirmek amacıyla Kolordu Süvari Takımı’nın bir kısmıyla sivil olarak Havsa-Babaeski yönünde keşfe giden Albay Cafer Tayyar Bey, bu sırada bir Yunan Piyade Bölüğü ve bir süvari takımının ateşi arasında kaldı. Açılan ateş sonucunda atından düştü ve yanındakiler tarafından ‘öldü’ sanılarak baygın bir şekilde bırakıldı. Bostanlı Köyü halkı onu Yunanlılara teslim etti. İki gün Edirne’de tutulduktan sonra Atina’ya gönderildi. Cafer Tayyar Bey’in esaret hayatı oldukça sıkıntılı geçti. Attan düştüğü sırada başından aldığı darbe sebebiyle rahatsızlığı devam ettiği için Atina’da bir hastaneye yatırıldı. Burada tedavi görürken Yunan gazetecileriyle yaptığı görüşmede, Anadolu’daki Milli Mücadele’nin başarısından emin olduğunu ve Yunan ordusunun İngiltere’nin ‘maşası’ olarak Anadolu’da bulunduğunu ifade etti. Bu sözleri üzerine nispeten iyi olan hastane günlerinden sonra sıkıntılı bir esaret dönemi geçirdi. Milli Mücadele’nin başarıya ulaşması, 9 Eylül 1922’de İzmir’in ve 18 Eylül’de de tüm Batı Anadolu’nun Yunan işgalinden kurtarılması sonrasında İtilaf Devletleri ateşkes talebinde bulundu. 11 Ekim 1922’de İtilaf Devletleri ile TBMM Hükümeti arasında Mudanya Ateşkes Antlaşması yapıldı. Ateşkes görüşmelerine alınmayan Yunan delegasyonunu İngilizler tem-sil etti. Bir süre sonra nihaî barış antlaşması için İsviçre’nin Lozan kentinde görüşmeler başladı. Burada taraflar arasında görüşmeler devam ederken 30 Ocak 1923’te karşılıklı olarak esirlerin değişimi kabul edildi. Bunun sonucunda Albay Cafer Tayyar Bey’in esareti 4 Haziran 1923 tarihinde sona erdi. Cafer Tayyar Bey’in esaretten dönüş tarihi İlk Meclis’in seçimlerin yenilenmesi ve yeni Meclis’in oluşması için dağıldığı günlere rastlanmıştı. Mustafa Kemal Paşa, Ankara’da İlk Meclis binasındaki odasında kendisini ziyaret eden Cafer Tayyar Bey’i yaşadığı esaret hayatı ve Trakya harekâtının başarısızlığından dolayı teselli etti. Ardından onu Trakya’daki seçimleri idare etmekle görevlendirdi. Yapılan seçimlerde Cafer Tayyar Bey, TBMM’de İkinci Dönem Edirne Milletvekili olarak yer aldı.Cafer Tayyar Bey, Mustafa Kemal Paşa ile Büyük Millet Meclisi’ndeki odasında 12 Ağustos 1923 günü yaptıkları özel görüşme sonunda 7’nci Kolordu Komutanlığı’na atandı. O sırada Lozan’da kesin bir uzlaşmaya varılamayan Musul Meselesi gündemdeydi. Bu nedenle Mustafa Kemal Paşa kendisine, Diyarbakır’da güçlü birliklerin ve güvenilir bir komutanın bulundurulması gerektiğini, bu nedenle kendisini düşündüğünü ifade etti. Cafer Tayyar Bey, Musul’un Mondros Ateşkes Antlaşması’na aykırı olarak İngilizler tarafından işgal edildiğini, kendisinin de Musul’u almasının mümkün olabileceğini, bu konudaki sorumluluğun kendisine bırakılmasını istedi. Bunun üzerine Mustafa Kemal Paşa, düşüncelerini uygun bulduğunu ve ona güvendiğini belirtti. 7’nci Kolordu Komutanlığı’na atanan Albay Cafer Tayyar Bey’in Milletvekilliği de devam edecekti. Cafer Tayyar Bey, üstlendiği bu tarihi vazife dolayısıyla bir yandan 7’nci Kolordu’yu düzene koymaya çalıştı, bir yandan da yerel halkla temasa geçerek bölgede Devlet nüfuzunu yerleştirmeye çalıştı. Diyarbakır’da bulunduğu dönemde 24 Eylül 1923 tarihinde Generalliğe (Mirliva/Tümgeneral) terfi etti. Cafer Tayyar Paşa’nın komutası altındaki 7’nci Kolordu’nun sorumluluk sahası oldukça genişti. Musul’a hareket düzenlemeye hazırlanırken İngilizlerin teşviki ile Nasturilerin isyanı başladı. Hükümet Nasturi İsyanı’nı bastırma görevini Cafer Tayyar Paşa’ya verdi. Kısa süre içerisinde bu isyan bastırıldı. Cafer Tayyar Paşa, Nasturi İsyanı’nı daha çok milli kuvvetlerle önlediğini, hareket sırasında Musul’a yönelmek için Ankara’yla görüştüğünü ancak o sırada İngilizlerle yeni bir savaşı göze alamayan Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti’nin kendisine izin vermediğini sonraki günlerde zaman zaman dile getirdi.Bir yandan da yeni Türk Devleti’nin başkenti Ankara’da yeni gelişmeler yaşanıyordu. O günlerde Kâzım Karabekir, Ali Fuat ve Refet Paşalar gibi Ordu Komutanı ve Milletvekili olan şahsiyetler, bu durumdaki kişilerin ya ordu komutanlığını ya da milletvekilliğini tercih etmeleri yönünde Meclis’te alınan karar sonrasında milletvekilliğini tercih etmiş ve ordudaki görevlerinden istifa etmişlerdi. Bu çerçevede Cafer Tayyar Paşa milletvekilliğini tercih ederek 3 Kasım 1924 tarihinde 7’nci Kolordu Komutanlığı görevinden ayrıldı. İkinci Meclis’te iki ay Cumhuriyet Halk Fırkası’ndan istifa etmeden milletvekilliğini sürdürdü. Daha sonra da Kâzım Karabekir, Ali Fuat ve Refet Paşalar ile Rauf Orbay ve Dr. Adnan Adıvar Beyler tarafından kurulan Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası’na (TCF) üye oldu. Partiye katıldığı ilk gün Büyük Millet Meclisi’nde yaptığı konuşmada muhalefetin asli görevinin ülkede demokrasinin yerleşmesine hizmet etmek olduğunu ve hiçbir suretle yıkıcı bir muhalefetten yana olmadığını ifade etti. Rauf Bey ve Kastamonu Milletvekili Halit Bey’in de bulunduğu bir toplantı da bazı parti üyelerinin gündeme getirdiği “Alay kumandanlarıyla irtibat tesisi” fikrine karşı çıkarak, ordu ile siyasetin muhakkak ayrı tutulması gerektiğini aksi takdirde kendisinin partiden ayrılacağını belirterek bu konuda kesin bir tavır aldı.Yeni Türk Devleti’nin ilk muhalefet partisi olarak 1924 yılı sonbaharında siyasi hayatta yerini alan Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası (TCF), Şeyh Said Ayaklanması ve başka bazı sebepler bahane edilerek 3 Haziran 1925 tarihinde Hükümet tarafından kapatıldı. Fırka (Parti) programı içerisinde yer alan “Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası efkâr-ı itikadat-ı diniyyeye hürmetkârdır” ifadeleri, Doğu Anadolu’da çıkan Şeyh Sait İsyanı’nı körüklediği şeklinde yorumlandı. Parti kapatıldıktan sonra da Cafer Tayyar Paşa ve diğer eski TCF milletvekilleri bağımsız olarak Meclis’te yer almaya devam etti. 1926 Haziran’ında İzmir’de Gazi Mustafa Kemal Paşa’ya karşı yapılması planlanan bir suikast hazırlığı ortaya çıkarılınca, suikastın arkasında Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası’nın olduğu iddiası üzerine Cafer Tayyar, Kâzım Karabekir, Ali Fuat, Refet Paşalar ile Rauf ve Dr. Adnan Beyler ve diğer bazı parti mensupları İzmir’de yargılandı. İstiklâl Mahkemesi kararı ile Paşalar suçsuz bulundu ve 27 Haziran 1926’da haklarında beraat kararı verildi. Cafer Tayyar Paşa’nın milletvekilliğini süresi 1 Kasım 1927 tarihinde sona erdi. 9 Ocak 1928 tarihinde ordudan emekli edildi. Yakın arkadaşı ve samimi dostu olan Kâzım Karabekir Paşa’nın, “Taktik kabul etmeyen adam…” sözleriyle anlatmaya çalıştığı gibi, Cafer Tayyar Paşa, baskıya gelemeyen bir karaktere sahipti. Bu nedenle soyadı olarak ailesinin lakabı olan “Çolakoğulları”nı almak isterken, Karabekir Paşa’nın “Hiç eğilmeden ‘Eğilmez’ soyadını al” tavsiyesiyle bu soyadı aldı.Üzerine aldığı görevleri titizlikle yerine getirmeye çalışan vatanperver bir komutan, iyi bir aile reisi ve dürüst bir şahsiyet olarak yakın tarihimiz içinde yer edinen Cafer Tayyar Paşa, ordudan emekli olduktan bir daha aktif siyasete dönmedi. Zaten İzmir Suikastı Girişimi davası sonrasında yargılanan paşalardan ancak Ali Fuat ve Refet Paşalar, Atatürk zamanında bir daha milletvekili seçilebildi. 3 Ocak 1958’de İstanbul’da vefat eden Cafer Tayyar Paşa’nın cenazesi Karacaahmet Mezarlığı’na defnedildi.
